À la tête du clergé juif se situe le grand prêtre, issu de la lignée de Sadoq, le grand prêtre en exercice sous la royauté de David. En réalité, le titre de grand prêtre ne semble utilisé qu’après le retour d’exil, alors même que la royauté a disparu. Or en l’absence de roi, le grand prêtre devient le chef de la nation et son représentant devant Dieu, comme l’était auparavant le monarque.
Sous les Asmonéens, vers 160 avant notre ère, les descendants de Juda Maccabées deviennent à la fois grands prêtres et chefs de la nation juive, et prennent le titre de roi à partir d’Aristobule en 104 avant J.-C. En s’arrogeant le titre de grand prêtre, ils interrompent la lignée jusque-là conservée des Sadocides (descendants de Sadoq) et abusent de ce titre pour conserver le pouvoir.
Un ultime tournant est marqué avec l’arrivée au pouvoir d’un autre usurpateur, Hérode le Grand. Le haut pontificat est alors entre les mains du souverain qui institue et dégrade les grands prêtres selon son caprice. Ils sont choisis dans des familles sacerdotales dont les membres vont peu à peu constituer une aristocratie particulière : le groupe des grands prêtres qui apparaîtra si souvent dans le Nouveau Testament, et auquel Jésus s’opposera maintes fois violemment. Cette fonction majeure du sacerdoce juif est alors vidée de son sens, les grands prêtres successifs composant avec le pouvoir politique pour ne pas perdre leur place.